注意しておきたいのは、低い金利を提示しているノンパンクなどでは、初回の事務手数料か高くなっていることがある点だ。これは「ディスカウントポイント方式」と呼ばれるもので、当初に一定の手数料を支払うことで金利を低くする仕組みである。グッド住宅ローンのSBIモーゲージがわか国で初めて採用して以降、ノンバンクを中心に増加してきたが、最近では銀行でもこの仕組みを採用するところか登場している。手数料は借入額の2.1％としているところか多く、3000万円の借入れであれば63万円の負担だから決して安くはない。
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それでも金利が低い分、完済までの総支払額を比較すると、ディスカウントポイント方式のほうが少なくすむのがふつうである。借入先を決定するときには、金利だけではなく、当初の手数料まで含めた総支払額を比較検討してみるのが無難だろう。なお、この「フラット35」、申込み件数は2004年度が約2万件に対して、2005年度は約6万件と3倍に増えている。今後、金利上昇傾向がさらに明確になってくれば「フラット35」の申込者が増加することは疑いない。事実、量的緩和政策が解除されて金利上昇懸念が強まった2006年3月は、2月に比べて大幅に申込み件数が増えた。